Inngående merverdiavgift er all merverdiavgift bedriften betaler på kjøp av varer og tjenester. Dette trekkes fra utgående merverdiavgift i omsetningsoppgaven når det beregnes hvor mye som skal innbetales til Skatteetaten. Det er kun merverdiavgiftspliktige bedrifter som får fradrag for inngående merverdiavgift, for alle andre er merverdiavgiften som betales en ren kostnad.